杜梨叶绿体基因组密码子偏好性分析

来源 :河北农业大学学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户：mqzt521

【摘要】

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为了明确杜梨叶绿体基因组密码子的使用偏性,以杜梨叶绿体基因组中的37条蛋白质编码序列为研究对象,利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP等对其密码子进行了中性绘图分析、ENC-p

【作者】

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辛雅萱董章宏瞿绍宏刘成叶鹏辛培尧

【机构】

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西南林业大学西南山地森林资源保育与利用教育部重点实验室/西南地区生物多样性保育国家林业和草原局重点实验室

【出处】

：

河北农业大学学报

【发表日期】

：

2020年6期

【关键词】

：

杜梨叶绿体基因组密码子偏好性最优密码子 Pyrus betulifolia Bge. chloroplast genome codon bias opti

【基金项目】

：

国家重点研发计划子课题项目(2017YFD060120204),云南省科技厅科技计划项目(2018BB005).

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为了明确杜梨叶绿体基因组密码子的使用偏性,以杜梨叶绿体基因组中的37条蛋白质编码序列为研究对象,利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP等对其密码子进行了中性绘图分析、ENC-plot和PR2-plot分析。结果表明:(1)杜梨叶绿体基因组密码子不同位置GC碱基含量为:GC(148.45%)>GC2(40.76%)>GC(328.66%),说明密码子末位碱基偏好以A/U结尾;(2)有效密码子数(ENC)取值范围是33.13~52.73,表明密码子偏性较弱;(3)相对同义密码子(RSCU

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