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间断分布是表明两个植物区系曾经具有很深的渊源关系，利用同动酶和叶绿体DNA分子的分析技术，能直接测定替代种对之间基因分枝的量，并换算成替代种对隔离的时间，其结果与化石的年代具有高度一致性，分子数据有助于精确地说明现代避难所中孑遗植物和第三纪祖先的亲缘关系，重建现代孑遗植物区系的演化，以及它们从第三纪到现代的植被迁移路线。