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基于质谱的蛋白质组学在近20年有巨大的发展。在其应用中，病原微生物和与感染相关的蛋白质组学具有重要科学意义，体系复杂度又相对较小，一直受到广泛关注并有较快发展。本文从感染中病原微生物和宿主的蛋白质组学两方面人手，简要综述应用蛋白质组学研究感染过程的相关工作，着重介绍该领域近几年的主要进展，并对其发展做出展望。