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社会系统运行理论是建立在将社会系统组织化状态划分为结构与运行两个层次的概念基础上，社会系统含有集中控制行为、规范行为和子系统自主行为三元运行方式。三级调节机制使许多社会系统具有较强的稳定性。人类社会发展可概括为三种基本模式：一为系统组元数量增加，规模扩大；二为系统组元种类增加或增加新的品质等，系统复杂性增加；三为系统组元之间联系改善，或从一种组织化状态转换成另一种组织化状态。将上述理论与我国现行体制对比分析，提出深化改革思路，并为实现体制改革中的社会稳定，促进改革健康发展，提出政治体制改革和政府应有的行为。