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手工会计系统中，内部控制的方式主要是人员的内部牵制制度。会计电算化后，会计账务的集中化处理，使会计部门传统的内部控制措施如账账核对、账表核对、账证核对、表表核对等不再使用，替代以计算机内部控制措施，如凭证借贷平衡校验，余额发生额平衡检查等。会计电算化后企业的内部控制制度是由人通过会计软件来实现的，由人员和计算机相结合来共同完成。