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《黎平府志·先贤传》载有一篇何腾蛟向南明弘光皇帝的上疏，上疏的标题是《何腾蛟为假太子疏》，题为“逆辅蔑制吾君，明害皇嗣，谨声罪讨，以妥先帝神灵，以抒天下公愤事”。此奏疏完全是针对马士英的，以“太子”事件为发端，历数马士英的罪状。
为便于分析，下面先将何腾蛟历数马士英的罪状抄录于下：
“窃见逆贼马士英，出自苗种，性本凶顽，臣等身在行间，无日不闻其恶状，无人不恨其奸邪。先帝皇太子至京，道路汹传，陛下屡发矜心，士英以真为假，必欲置之死而后快。臣前疏，望陛下从容审处，犹冀士英意气犹存，或当涤肠改过，以存先帝一线。不意奸谋日甚一日，臣自此，义不能与贼共天日矣。臣已提师在途，将士眦目指发，人人必欲快食其肉。臣恐百万之众发而难收，震惊宫阙，臣罪何辞？且声其罪状，正告陛下仰祈刚断，与天下共弃之。自先帝之变，人人号泣，士英利灾擅权，事事与先帝为难。逆案，先帝手定者，士英首翻之；《要典》，先帝手焚者，士英复修之；思宗改谥，明示先帝不足思，以绝天下报仇雪耻之心。罪不容与死者一也。国家提衡文武，全恃名器，鼓舞人心。自贼臣柄国以来，卖官鬻爵，殆无虚刻，都门有‘职方贱如狗，都督满街走’之谣，如越其杰以贪罪遣戍，不一年而立升部堂；张孙振以脏污绞犯，不数月而夤缘仆少；袁洪勋、张道璿同诏狱论事者，借起废竞复原官。如杨文骢、王炳发及赵书办等，或行同贼恶，或罪等叛逆，皆用之于当头。凡此之类，直以千百计。罪不容于死者二也。阁臣票拟政事归六部，至于兵权犹不得兼握。士英已为首辅，犹估握兵柄不放，是弁髦太祖法度；且又引其腹心阮大铖，为添设尚书，以济其篡弑之谋。两子枭獍，各操重兵以为呼应，司马昭复生于今。罪不容于死者三也。陛下选立宫妃，典礼攸关，士英居为奇货，先择尤者以为下陈，罪通于天；而又私买歌儿歌女，寄于阮大铖家中，希图送进，计乱中宫，阴谋叵测。罪不容于死者四也。陛下即位之初，恭俭仁明，士英百计诳惑，进优童艳女，损伤圣德，每对人言，恶则归君。罪不容于死者五也。国家遭此大难，须宽仁慈爱，以收人心。士英自引用阮大铖以来，睚眦杀人，如雷绩祚、周镳等，锻炼周内，株连蔓引。尤其甚者，借三案为题，深埋陷阱，将阮大铖生平不快意之人，一网打尽，令天下绅士，裹足解体。罪不容于死者六也。九重私密，岂臣子所敢言，士英遍布私人，凡陛下一言一动无不窥视。又募死士窥伏皇城，诡名禁军，以伺陛下动静，曰：‘废立由我’。罪不容于死者七也”。（《明季南略》卷三载《左良玉参马士英八罪》亦有此基本相同的奏疏内容。）
上面仅录抄了何腾蛟上疏的一小部分。
读这篇“上疏”，首先感到它的史料价值极大。何腾蛟这篇上疏，与《明史》奸臣传中定为“奸臣”的“马士英传”中文字相对照，它的不少内容《明史·马士英传》都有，这就说明《黎平府志》所载的“上疏”为清初修《明史》“马士英传”提供了材料。何写此篇奏章是他在南明弘光朝任湖广总督，1645年“太子”事件发生时所写奏，而《明史》是从清初开始编纂，正式刊刻是在乾隆四年（1739年），两相对比相差90年，即何腾蛟的奏章早于《明史》90年，既然有许多材料雷同，只能说明《明史》是引用了何腾蛟的材料而没有注明而已。
我举几点《明史·马士英传》与何腾蛟“上疏”雷同之处。
1.何“上疏”：
“逆案，先帝手定者，士英首翻之；《要典》，先帝手焚者，士英复修之。”
《明史·马士英传》：
“逆案，先帝手定，士英首翻之；《要典》，先帝手焚，士英复修之。”
（此句比较，何“上疏”只多了一个“者”字）
2.何“上疏”：
“陛下即位之初，恭俭仁明，士英百计诳惑，进优童艳女，损伤圣德。”
《明史·马士英传》：
“陛下即位之初，恭俭仁明，士英百计诳惑，进优童艳女，损伤盛德。”
（此句比较，几乎一字不差，只是一个为“损伤圣德”一个为“损伤盛德”）
3.何“上疏”：
“士英自引用阮大铖以来，睚眦杀人，如雷绩祚、周镳等，锻炼周内，株连蔓引。”
《明史·马士英传》：
“复引用阮大铖，睚眦杀人，如雷绩祚、周镳等，锻炼周内，株连蔓引。”
（此句比较，只是上疏多一两个字，内容完全一样）
4.何“上疏”：
“尤其甚者，借三案为题，深埋陷阱，将阮大铖生平不快意之人，一网打尽，令天下绅士，裹足解体。”
《明史·马士英传》：
“尤其甚者，借三案为题，深埋陷阱，凡生平不快意之人，一网打尽，令天下士民，重足解体。”
（此句比较，将阮大铖不快之人，改为马士英不快之人，其他基本一致）。
5.对于南来的“太子”，何“上疏”认为是崇祯的真太子。何奏章说：
“先帝皇太子至京，道路汹传，陛下屡发矜心，士英以真为假，必欲置之死而后快。”
《明史·马士英传》：
“目今皇太子至，授受分明，大铖一手握定，抹杀识认之方拱乾，而信朋谍之刘宗宗，忍以十七年嗣君付诸幽囚。”
（此句比较，虽然文字不同，基本上都认为是“真太子”。还要指出《明史》将崇祯立了七年的太子，这里错为“十七年”。）
总之，我们还可以在何“上疏”与《明史·马士英传》中找出其他一些相同、相似的材料，这就说明何“上疏”的史料价值，是张廷玉等人在修《明史·马士英传》时，抄录、参考了何“上疏”的材料。
读了何的“上疏”，有许多问题值得我们思考，值得进一步研究。
一、“上疏”开头就是“窃见逆贼马士英，出自苗种，性本凶顽，臣等身在行间，无日不闻其恶状，无人不恨其奸邪。”这第一句就给马士英定了性是“逆贼”（即逆臣），与《明史》定马士英为“奸臣”是一个定性，不过何定性在先，《明史》定性在后。何说他们在行伍问，无日不闻其恶状，说明当时社会舆论对马士英罪恶的传播极深远，何文这里还提出一个问题，马士英出自“苗种”，他是就贵州当时人们的泛称是“苗蛮”之地说的，还是马真的是少数民族，值得进一步研究。作为何腾蛟本人就是贵州人，对马士英的家世也许有一些了解。 二、关于“太子”事件，何说：“士英以真为假，必欲置之死而后快”，何认为是“真太子”。而《明史·奸臣传》中说：“目今皇太子至，授受分明，大铖一手握定，抹杀识认之方拱乾，而信朋谍之刘宗宗，忍以十七年嗣君付诸幽囚。”亦认为是“真太子”。
这个事件的起因是1644年十二月，鸿胪寺少卿高梦箕的奴仆穆虎从北方南下，途中遇到一个少年，自称是崇祯的太子，这个少年南下后就住在高梦箕侄子高成之家中。不久，高梦箕向弘光上奏称有这样一个太子。如果这个少年是崇祯立储七年（不是《明史》奸臣传中说的十七年）的真太子，弘光帝就得让位，马士英的日子就不好过。弘光帝不敢马虎，1645年三月初一日，就请朝臣辨认。太学士王铎曾经在崇祯朝廷担任东宫教官三年，经常与太子直接见面；曾教太子读书的刘宗宗等，自然熟悉太子的长相，他们一看就不是真太子，是假的，这个少年就被“锢之狱中”，南京士民不满弘光政权，谓马士英朋奸，谋害真太子。《明史·马士英传》说：“太子之来也，识者指其伪，而都下士民哗然是之。”
著名史学家孟森说：“故太子之狱，当时哗然谓太子为真。以今考之，上年冬，太子已见于北都，清廷亦以为伪而杀之。有太子外祖周奎一家先与相认，并长公主亦在奎家，兄妹相见大哭，则此为真太子也……，盖北都所杀为真，南都太子实伪”。
可见弘光政权“锢之狱中”的少年是一个假太子，硬要把一个假太子搞成一个所谓真“太子案”，加在马士英头上是不公正的。
三、“逆案，先帝手定者，士英首翻之；《要典》，先帝手焚者，士英复修之”。这是判定马士英为“奸臣”的另一条罪状之一。
逆案，是指在天启年间，魏忠贤专政，杀戮东林党人，崇祯即位后，发布诏书，定此案为“逆案”，凡与此案有关人员，重则处死，轻者不再重用。阮大铖是逆案中的一员，马士英重用阮大铖是翻了“逆案”。
《要典》是指《三朝要典》，即万历四十年（1615年）的挺击案、泰昌元年（1620年）光宗生病发生的红丸案、同年光宗即位发生的移宫案，对此三案，魏忠贤编了一本书：《三朝要典》，打击东林党人。崇祯即位后（1627年）对此否定，即焚《要典》。弘光即位后，社会舆论就出现了马士英要翻逆案，焚《要典》，不用东林党人和复社成员。
但与历史对照，不完全是史实，马士英并没有不用东林党人。
如陈子龙是复社首领，崇祯朝进士。在南明弘光政权时，马士英任他为兵科给事中，这个官位的权力很大，是辅助皇帝处理奏章的。
又如东林党人在明末的首领钱谦益，见马士英在弘光朝掌权后，即“上书诵士英功，士英引为礼部尚书”，比钱谦益在崇祯朝只作礼部侍郎的官还大。阮大铖最先被起用，首先还是钱谦益推荐。钱谦益“复力荐阉党阮大铖等，大铖遂命为兵部侍郎。”以后即升为“兵部尚书”，可见说马士英复《要典》不用东林党人及复社成员并不完全是事实。
四、何“上疏”中其罪四是“私买歌儿舞女，寄于阮大铖家中，希图选进，计乱中宫”；其罪五是：“士英百计诳惑，进优童艳女，损伤圣德”。这也是《明史·马士英传》中定马士英为“奸臣”的罪状之一。
这些罪状应该具体分析，弘光帝福王，本人就是一个生活糜烂者，腐化是从他自己开始，一批太监到处收罗美女进宫，这批太监就是他腐化的元凶；马士英对此亦参与其中，听之任之，所以这些罪状应分别承担，具体分析，不能完全归于马士英一人。
据武英殿大学士王铎《拟山园选集》卷十二：“谨谒为选择淑女速当严禁，不可滥事”载：弘光刚一上台，以大婚为名，派太监到南京、苏州、杭州等地挑选“淑女”，太监屈尚忠带人到“都城内凡有女之家，不问年纪若何，竞封其门，受金后释放，又顾别家”。对福王弘光帝的后宫选女腐化，马士英亦是参与的，陛下选立宫妃，“士英居为奇货，先择尤者以为下陈”“计乱中宫”。
对马士英卖官情况，《鹿樵纪闻》卷上载有民谣：“中书随地有，都督满街走，监纪多如羊，职方贱如狗。荫起千年尘，拔贡一呈首。扫尽江南钱，填塞马家口。”马士英的作为引起老百姓的强烈愤怒。弘光朝廷腐败致极，不垮台是不可能的。
马士英在弘光政权中，没有给人们留下什么值得肯定的事，结果“身败名裂”，但他是不是“奸臣”值得研究。
一、张廷玉等人编纂的《明史》只写了十六个皇帝，他只写到崇祯朝，编撰到崇祯被李自成推翻为止，并没有写“南明”政权，没有写“南明史”。在崇祯朝，马士英在崇祯五年被擢为“右佥都御史”巡抚宣府。因取公帑数千金馈遗朝贵，为太监王坤所告发，被罢官，后流寓南京。既然《明史》未写南明史实，将一个在崇祯朝已罢官的人，列入《明史》奸臣，这就是将后来发生的事情往前推论，这与写史书的体例不合，即将明朝于1644年已灭亡、而在1645年后的“南明史”事件，生硬地拉入《明史》中，这不能使人信服。
二、从我国的二十四史查找，写《奸臣传》是从《宋史》蔡京开始，以后的《辽史》《金史》《元史》写到的“奸臣”“逆贼”“逆臣”，都是宰相一级的朝中要员，即使《明史》的奸臣如胡惟庸、严嵩等亦是“宰相”级的要员。而马士英在崇祯朝还仅是一个“都御史”，是朝中一般官员，既然《明史》仅写到崇祯皇帝，将马士英列入“奸臣”，按崇祯朝马士英所犯的错误，还达不到列入“奸臣”的罪行，《明史》将南明朝廷发生的事件拔出来写到《明史》中，“皮之不存，毛将焉附”。
三、马士英排挤史可法，自掌兵权，最后使弘光朝廷灭亡。但马士英始终在抗清，他并没有向清朝“投降”，又没有向清朝出卖“情报”，没有向清朝提供对南明弘光不利的事情，马士英的“奸臣”之名何来。马士英与史可法等人的矛盾，是南明政权的内部斗争，与“奸臣”罪名不应混为一谈。
四、马士英在南明弘光朝廷的作为错误是很多的，但是不是“奸臣”，是不是蔡京、秦桧一类的人物，值得重新研究。总之，“奸臣”这个罪名判得太重了。
为便于分析，下面先将何腾蛟历数马士英的罪状抄录于下：
“窃见逆贼马士英，出自苗种，性本凶顽，臣等身在行间，无日不闻其恶状，无人不恨其奸邪。先帝皇太子至京，道路汹传，陛下屡发矜心，士英以真为假，必欲置之死而后快。臣前疏，望陛下从容审处，犹冀士英意气犹存，或当涤肠改过，以存先帝一线。不意奸谋日甚一日，臣自此，义不能与贼共天日矣。臣已提师在途，将士眦目指发，人人必欲快食其肉。臣恐百万之众发而难收，震惊宫阙，臣罪何辞？且声其罪状，正告陛下仰祈刚断，与天下共弃之。自先帝之变，人人号泣，士英利灾擅权，事事与先帝为难。逆案，先帝手定者，士英首翻之；《要典》，先帝手焚者，士英复修之；思宗改谥，明示先帝不足思，以绝天下报仇雪耻之心。罪不容与死者一也。国家提衡文武，全恃名器，鼓舞人心。自贼臣柄国以来，卖官鬻爵，殆无虚刻，都门有‘职方贱如狗，都督满街走’之谣，如越其杰以贪罪遣戍，不一年而立升部堂；张孙振以脏污绞犯，不数月而夤缘仆少；袁洪勋、张道璿同诏狱论事者，借起废竞复原官。如杨文骢、王炳发及赵书办等，或行同贼恶，或罪等叛逆，皆用之于当头。凡此之类，直以千百计。罪不容于死者二也。阁臣票拟政事归六部，至于兵权犹不得兼握。士英已为首辅，犹估握兵柄不放，是弁髦太祖法度；且又引其腹心阮大铖，为添设尚书，以济其篡弑之谋。两子枭獍，各操重兵以为呼应，司马昭复生于今。罪不容于死者三也。陛下选立宫妃，典礼攸关，士英居为奇货，先择尤者以为下陈，罪通于天；而又私买歌儿歌女，寄于阮大铖家中，希图送进，计乱中宫，阴谋叵测。罪不容于死者四也。陛下即位之初，恭俭仁明，士英百计诳惑，进优童艳女，损伤圣德，每对人言，恶则归君。罪不容于死者五也。国家遭此大难，须宽仁慈爱，以收人心。士英自引用阮大铖以来，睚眦杀人，如雷绩祚、周镳等，锻炼周内，株连蔓引。尤其甚者，借三案为题，深埋陷阱，将阮大铖生平不快意之人，一网打尽，令天下绅士，裹足解体。罪不容于死者六也。九重私密，岂臣子所敢言，士英遍布私人，凡陛下一言一动无不窥视。又募死士窥伏皇城，诡名禁军，以伺陛下动静，曰：‘废立由我’。罪不容于死者七也”。（《明季南略》卷三载《左良玉参马士英八罪》亦有此基本相同的奏疏内容。）
上面仅录抄了何腾蛟上疏的一小部分。
读这篇“上疏”，首先感到它的史料价值极大。何腾蛟这篇上疏，与《明史》奸臣传中定为“奸臣”的“马士英传”中文字相对照，它的不少内容《明史·马士英传》都有，这就说明《黎平府志》所载的“上疏”为清初修《明史》“马士英传”提供了材料。何写此篇奏章是他在南明弘光朝任湖广总督，1645年“太子”事件发生时所写奏，而《明史》是从清初开始编纂，正式刊刻是在乾隆四年（1739年），两相对比相差90年，即何腾蛟的奏章早于《明史》90年，既然有许多材料雷同，只能说明《明史》是引用了何腾蛟的材料而没有注明而已。
我举几点《明史·马士英传》与何腾蛟“上疏”雷同之处。
1.何“上疏”：
“逆案，先帝手定者，士英首翻之；《要典》，先帝手焚者，士英复修之。”
《明史·马士英传》：
“逆案，先帝手定，士英首翻之；《要典》，先帝手焚，士英复修之。”
（此句比较，何“上疏”只多了一个“者”字）
2.何“上疏”：
“陛下即位之初，恭俭仁明，士英百计诳惑，进优童艳女，损伤圣德。”
《明史·马士英传》：
“陛下即位之初，恭俭仁明，士英百计诳惑，进优童艳女，损伤盛德。”
（此句比较，几乎一字不差，只是一个为“损伤圣德”一个为“损伤盛德”）
3.何“上疏”：
“士英自引用阮大铖以来，睚眦杀人，如雷绩祚、周镳等，锻炼周内，株连蔓引。”
《明史·马士英传》：
“复引用阮大铖，睚眦杀人，如雷绩祚、周镳等，锻炼周内，株连蔓引。”
（此句比较，只是上疏多一两个字，内容完全一样）
4.何“上疏”：
“尤其甚者，借三案为题，深埋陷阱，将阮大铖生平不快意之人，一网打尽，令天下绅士，裹足解体。”
《明史·马士英传》：
“尤其甚者，借三案为题，深埋陷阱，凡生平不快意之人，一网打尽，令天下士民，重足解体。”
（此句比较，将阮大铖不快之人，改为马士英不快之人，其他基本一致）。
5.对于南来的“太子”，何“上疏”认为是崇祯的真太子。何奏章说：
“先帝皇太子至京，道路汹传，陛下屡发矜心，士英以真为假，必欲置之死而后快。”
《明史·马士英传》：
“目今皇太子至，授受分明，大铖一手握定，抹杀识认之方拱乾，而信朋谍之刘宗宗，忍以十七年嗣君付诸幽囚。”
（此句比较，虽然文字不同，基本上都认为是“真太子”。还要指出《明史》将崇祯立了七年的太子，这里错为“十七年”。）
总之，我们还可以在何“上疏”与《明史·马士英传》中找出其他一些相同、相似的材料，这就说明何“上疏”的史料价值，是张廷玉等人在修《明史·马士英传》时，抄录、参考了何“上疏”的材料。
读了何的“上疏”，有许多问题值得我们思考，值得进一步研究。
一、“上疏”开头就是“窃见逆贼马士英，出自苗种，性本凶顽，臣等身在行间，无日不闻其恶状，无人不恨其奸邪。”这第一句就给马士英定了性是“逆贼”（即逆臣），与《明史》定马士英为“奸臣”是一个定性，不过何定性在先，《明史》定性在后。何说他们在行伍问，无日不闻其恶状，说明当时社会舆论对马士英罪恶的传播极深远，何文这里还提出一个问题，马士英出自“苗种”，他是就贵州当时人们的泛称是“苗蛮”之地说的，还是马真的是少数民族，值得进一步研究。作为何腾蛟本人就是贵州人，对马士英的家世也许有一些了解。 二、关于“太子”事件，何说：“士英以真为假，必欲置之死而后快”，何认为是“真太子”。而《明史·奸臣传》中说：“目今皇太子至，授受分明，大铖一手握定，抹杀识认之方拱乾，而信朋谍之刘宗宗，忍以十七年嗣君付诸幽囚。”亦认为是“真太子”。
这个事件的起因是1644年十二月，鸿胪寺少卿高梦箕的奴仆穆虎从北方南下，途中遇到一个少年，自称是崇祯的太子，这个少年南下后就住在高梦箕侄子高成之家中。不久，高梦箕向弘光上奏称有这样一个太子。如果这个少年是崇祯立储七年（不是《明史》奸臣传中说的十七年）的真太子，弘光帝就得让位，马士英的日子就不好过。弘光帝不敢马虎，1645年三月初一日，就请朝臣辨认。太学士王铎曾经在崇祯朝廷担任东宫教官三年，经常与太子直接见面；曾教太子读书的刘宗宗等，自然熟悉太子的长相，他们一看就不是真太子，是假的，这个少年就被“锢之狱中”，南京士民不满弘光政权，谓马士英朋奸，谋害真太子。《明史·马士英传》说：“太子之来也，识者指其伪，而都下士民哗然是之。”
著名史学家孟森说：“故太子之狱，当时哗然谓太子为真。以今考之，上年冬，太子已见于北都，清廷亦以为伪而杀之。有太子外祖周奎一家先与相认，并长公主亦在奎家，兄妹相见大哭，则此为真太子也……，盖北都所杀为真，南都太子实伪”。
可见弘光政权“锢之狱中”的少年是一个假太子，硬要把一个假太子搞成一个所谓真“太子案”，加在马士英头上是不公正的。
三、“逆案，先帝手定者，士英首翻之；《要典》，先帝手焚者，士英复修之”。这是判定马士英为“奸臣”的另一条罪状之一。
逆案，是指在天启年间，魏忠贤专政，杀戮东林党人，崇祯即位后，发布诏书，定此案为“逆案”，凡与此案有关人员，重则处死，轻者不再重用。阮大铖是逆案中的一员，马士英重用阮大铖是翻了“逆案”。
《要典》是指《三朝要典》，即万历四十年（1615年）的挺击案、泰昌元年（1620年）光宗生病发生的红丸案、同年光宗即位发生的移宫案，对此三案，魏忠贤编了一本书：《三朝要典》，打击东林党人。崇祯即位后（1627年）对此否定，即焚《要典》。弘光即位后，社会舆论就出现了马士英要翻逆案，焚《要典》，不用东林党人和复社成员。
但与历史对照，不完全是史实，马士英并没有不用东林党人。
如陈子龙是复社首领，崇祯朝进士。在南明弘光政权时，马士英任他为兵科给事中，这个官位的权力很大，是辅助皇帝处理奏章的。
又如东林党人在明末的首领钱谦益，见马士英在弘光朝掌权后，即“上书诵士英功，士英引为礼部尚书”，比钱谦益在崇祯朝只作礼部侍郎的官还大。阮大铖最先被起用，首先还是钱谦益推荐。钱谦益“复力荐阉党阮大铖等，大铖遂命为兵部侍郎。”以后即升为“兵部尚书”，可见说马士英复《要典》不用东林党人及复社成员并不完全是事实。
四、何“上疏”中其罪四是“私买歌儿舞女，寄于阮大铖家中，希图选进，计乱中宫”；其罪五是：“士英百计诳惑，进优童艳女，损伤圣德”。这也是《明史·马士英传》中定马士英为“奸臣”的罪状之一。
这些罪状应该具体分析，弘光帝福王，本人就是一个生活糜烂者，腐化是从他自己开始，一批太监到处收罗美女进宫，这批太监就是他腐化的元凶；马士英对此亦参与其中，听之任之，所以这些罪状应分别承担，具体分析，不能完全归于马士英一人。
据武英殿大学士王铎《拟山园选集》卷十二：“谨谒为选择淑女速当严禁，不可滥事”载：弘光刚一上台，以大婚为名，派太监到南京、苏州、杭州等地挑选“淑女”，太监屈尚忠带人到“都城内凡有女之家，不问年纪若何，竞封其门，受金后释放，又顾别家”。对福王弘光帝的后宫选女腐化，马士英亦是参与的，陛下选立宫妃，“士英居为奇货，先择尤者以为下陈”“计乱中宫”。
对马士英卖官情况，《鹿樵纪闻》卷上载有民谣：“中书随地有，都督满街走，监纪多如羊，职方贱如狗。荫起千年尘，拔贡一呈首。扫尽江南钱，填塞马家口。”马士英的作为引起老百姓的强烈愤怒。弘光朝廷腐败致极，不垮台是不可能的。
马士英在弘光政权中，没有给人们留下什么值得肯定的事，结果“身败名裂”，但他是不是“奸臣”值得研究。
一、张廷玉等人编纂的《明史》只写了十六个皇帝，他只写到崇祯朝，编撰到崇祯被李自成推翻为止，并没有写“南明”政权，没有写“南明史”。在崇祯朝，马士英在崇祯五年被擢为“右佥都御史”巡抚宣府。因取公帑数千金馈遗朝贵，为太监王坤所告发，被罢官，后流寓南京。既然《明史》未写南明史实，将一个在崇祯朝已罢官的人，列入《明史》奸臣，这就是将后来发生的事情往前推论，这与写史书的体例不合，即将明朝于1644年已灭亡、而在1645年后的“南明史”事件，生硬地拉入《明史》中，这不能使人信服。
二、从我国的二十四史查找，写《奸臣传》是从《宋史》蔡京开始，以后的《辽史》《金史》《元史》写到的“奸臣”“逆贼”“逆臣”，都是宰相一级的朝中要员，即使《明史》的奸臣如胡惟庸、严嵩等亦是“宰相”级的要员。而马士英在崇祯朝还仅是一个“都御史”，是朝中一般官员，既然《明史》仅写到崇祯皇帝，将马士英列入“奸臣”，按崇祯朝马士英所犯的错误，还达不到列入“奸臣”的罪行，《明史》将南明朝廷发生的事件拔出来写到《明史》中，“皮之不存，毛将焉附”。
三、马士英排挤史可法，自掌兵权，最后使弘光朝廷灭亡。但马士英始终在抗清，他并没有向清朝“投降”，又没有向清朝出卖“情报”，没有向清朝提供对南明弘光不利的事情，马士英的“奸臣”之名何来。马士英与史可法等人的矛盾，是南明政权的内部斗争，与“奸臣”罪名不应混为一谈。
四、马士英在南明弘光朝廷的作为错误是很多的，但是不是“奸臣”，是不是蔡京、秦桧一类的人物，值得重新研究。总之，“奸臣”这个罪名判得太重了。