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胆木(Nauclea officinalis Pierre.ex Pitard)是中国著名南药,它有着悠久的用药历史.本研究采用Illumina Hi-Seq高通量测序技术,基于K-mer分析手段来研究胆木基因组的大小及杂合度,利用MISA方法分析可能的SSR分子标记.结果 表明,胆木的基因组大小为788.38 Mb,杂合度为0.28％,重复序列比例为50.56％.在基因组序列中,进行SSR分子标记分析,共鉴定出了237 398个SSR,其中,单、双核苷酸重复模体的比例较高.通过对传统南药胆木的基因组大小、杂合度调查及SSR分子标记分析,为胆木的道地性形成和资源保护及品种选育提供了遗传信息.