农业耕作范围的不断扩张和农业生产对外部资源的依赖导致了农业生态系统生物多样性的丧失,反过来直接影响到农业生态系统健康发展。随着世界人口的不断增长,农业面临的挑战是在可接受的环境代价基础上保证人类粮食安全。目前,对于主要农业生产过程中重要的生态关系和生态系统功能缺乏深层次理解,过分功利性看待农业产品生产功能和经济功能不利于从长远角度理解农业环境及其与经济相关性,更不利于建立健康的农业生态系统战略,因此需要在生态、社会、经济、政治、教育等层面对农业功能进行综合研究和管理,将生态学理论融入农业生产,基于环境成本和收益进行农业生态系统的科学决策和管理,最大程度地降低农业生产与生物多样性之间的冲突及提高它们之间的协调性。有机农业生产强调和利用农业生态系统自身的调节功能,有利于避免或减少农业活动对生物多样性的影响,有利于生态平衡和生物多样性保护,促进农业可持续发展。