随着养殖业规模的扩大，养殖业的污染日益突出，群众对此投诉日益增多，畜禽养殖业在给我县经济创造巨大效益的同时，也给环境带来了压力，畜禽粪便已成为农村环境污染的主要来源，在一定程度上也制约了畜牧业可持续发展，畜禽养殖业污染治理迫在眉睫。
　　因此，将家畜的粪尿通过土壤、水和大气进行各种物理、化学和生物学作用，分解成氮磷碳等元素，被作物吸收变为饲料，再进行饲养家畜，完成生态系统的各种物质循环，这种农牧结合，互养互促的办法就是处理家畜粪尿、保护环境的根本措施。糞尿的处理方法有用作肥料、饲料和沼气。
　　1 制成肥料，增加效益
　　家畜的粪尿是优良的有机肥料，在改善土壤理化特性，提高肥力方面具有化肥所不能代替的作用。应经高温腐熟或者药物处理后在利用。在急需用肥的季节，为了在短时间内使粪肥达到无害化，可采用药物处理，选用的药物应对农作物和人、畜无害，不损肥效，灭卵效果好，价格低廉，使用方便。而位于红石镇和平村的柳河县连会牧业养殖场是我县一家蛋鸡养殖场，也是我县蛋鸡养殖无公害畜产品产地认定产品认证企业，他们利用先进的生产技术，将粪便制成有机肥销售，既控制了环境污染又取得了生态效益和社会效益。
　　2 生产沼气，开发能源
　　沼气是利用厌氧细菌对粪尿、杂草、秸秆、垫草等有机物进行厌氧发酵产生的一种混合气体，主要成分为甲烷。沼气可作为生活生产用燃料，也可用于发电。在沼气生产过程中，因厌气发酵可杀灭病原微生物和寄生虫。坐落在柳河县三源浦大北岔村的柳河万兴牧业有限公司是我县首家生猪无公害畜产品产地认定产品认证企业，2008年被省总站确定通化地区唯一的一家无公害养殖科学示范园区，占地面积150亩（每亩667平方米），场区分为无公害生猪养殖基地和育肥牛养殖基地，猪舍建筑面积1.2万平方米，牛舍建筑面积1万平方米，配套建设四级沉淀池、发酵池和沼气池，干粪堆积发酵场400平方米，废弃物无害化，自由化处理与利用设施，园内按照“绿色、环保、生态、高效的总体要求，实行统一规划、统一布局、统一品牌、统一管理、统一服务、统一治污”的六统一方式，粪便处理采用干湿分离，污水处理采取四级发酵池沉淀发酵处理达标排放，修建沼气池，干粪堆积发酵后制成有机肥供林下种植和附近农田使用，形成了猪-沼-鱼-林下经济的主体生态畜牧业模式。
　　3 制成饲料，推进生态养殖
　　畜禽粪便中含有较丰富的各种营养物质，用畜禽的粪便做饲料，不仅可以开辟饲料来源。而且还减少污染，保持环境。国外的一些经验，经过无害化处理的家畜粪便，可以掺到饲料里再饲喂家畜，一般对鸡粪的应用最有价值。在干燥的鸡粪中还残留着30%的粗蛋白和其他养分，混入饲料后，作为蛋白质补充料饲喂牛羊猪，效果良好。尤其是喂给牛羊最佳，可代替精料的17%～25%。
　　用新鲜粪便直接喂家畜，简便易行，效果也比较好。同时要注意做好防疫卫生工作，避免疾病的发生和传播。用鸡舍内鸡粪同垫草直接饲喂乳牛和肉牛。在50千克饲料中混入上述粪草23.2千克饲喂奶牛时，其结果和饲喂含豆饼的饲料效果相同。在每100千克饲料中混入25千克粪草饲喂肉牛，与饲喂棉籽饼的对照组相比，如果饲料总量相等时效果差些，如比对照组增加15%时肉牛的增重量大致相等。将新鲜的畜粪同其他饲草、糠麸、玉米粉等混合均匀后装入塑料袋或者其他容器内，在密闭条件下进行青贮，青贮饲喂家畜。把鸡粪摊在水泥地上，自然风干，使其水分降到14%以下时，即可存储利用。自然干燥节省能源，投资少，但是效率低，粪中营养损伤多，不能杀灭某些病原菌和寄生虫卵。
　　加大资金投入力度，加强基础设施建设，开展规模化畜禽养殖排泄物综合利用，粪便进行无害化处理，增加畜禽粪便污水处理设施的投入，可结合修建沼气池，沤粪池、发酵池等对污水进行除臭再利用处理，绝对禁止在场内或场外随意堆积和排放畜禽粪便和污水，从而有效控制污水渗漏，防止二次污染和对周围环境的污染。推广生态养殖，建立环保型畜牧业，通过推广健康养殖模式，建立生态养殖场，如畜林种养结合（柳河县万兴牧业有限公司）进行因地制宜，不断延长生物链，这样即能做到充分利用废物，又能就地解决畜禽粪便污染。