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针对破片测速系统对数据存储速率快、可靠性高的要求，提出了基于流水线设计的数据快速存储方案和基于FPGA片内建立虚拟存储器来管理FLASH坏块列表的方法。该方法有效降低存储系统的平均响应时间，将数据流的存储速率提高了近2倍；并且有效地屏蔽FLASH的坏块，保证了破片数据存储的可靠性。测试结果表明：数据存储速率提高到2.4 Mbyte/s，为原始速率的3倍。数据存储的可靠性为100%。该方法能有效提高测速系统的存储速率和可靠性。