选择内蒙古28个样地采集的10种棘豆属植物56个单株,提取样品的基因组DNA,对其叶绿体psbA-trnH序列进行扩增、测序,所得序列利用ClustalX软件进行对位排列,并用MEGA5.0软件采用最大似然法构建系统发育树。结果显示:(1)10种棘豆属psbA-trnH序列的变异位点50个,信息位点36个,种间碱基差异百分率为3.4%,GC含量变化范围在23.18%~25.72%之间。(2)棘豆属与黄芪属各为一支,自展支持率达99%,这10种棘豆属植物可能为单系起源。(3)系统树中小叶小花棘豆与小花棘豆的样本独立成一支,支持将小叶小花棘豆作为小花棘豆的变种来处理。(4)多叶棘豆、砂珍棘豆和黄毛棘豆的样本相互混杂,表明亲缘关系很近,支持《内蒙古植物志》将三者归入真棘豆亚属轮叶棘豆组的观点。(5)缘毛棘豆与薄叶棘豆的样本聚成一支,支持将二者归入矮生棘豆组。研究表明,psbA-trnH序列可为棘豆属下种间系统发育关系研究提供分子证据。