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利用微生物的生命活动及其代谢产物的作用，改善作物养分供应，向农作物提供营养元素、生长物质、调控其生长、达到提高产量和改善品质，减少化肥施用，提高土壤的肥力，减少或降低病(虫)害的发生，改善环境质量。同时，利用有效微生物的特定功能作用处理城市生活垃圾和农牧业废弃物来生产有机(复合)微生物肥料或作物秸秆快速腐熟制剂，这就是微生物肥料。