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痣样基底细胞癌综合征具有常染色体显性遗传特征，由肿瘤抑制基因ＰＴＣＨ突变所致。ＰＴＣＨ的一个等位基因发生单独的点突变可能是该综合征中各种畸形的原因所在。ＰＴＣＨ的两个等位基因同时失活会导致肿瘤和囊肿（基底细胞癌、牙源性角化囊肿和成神经管细胞瘤）的形成。一些新假说的提出可能有助于解释该综合征较为少见的原因。