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针对BLAST算法在查找命中的过程中需要遍历数据库造成计算资源消耗的问题，提出了基于位图索引和B＋树的数据存储方式以加快数据的检索。改进算法利用位图索引的原理建立数据库的单词．位向量表，并对这个表使用B＋树再次进行索引，最终达到加快BLAST程序的运算速度。对于DNA序列这个方法能够使BLAST查找命中耗费的时间得到极大的减少。