考察清代思想史的发展，大致可以分为三个阶段，具有三大特色和九个理论突破。第一阶段是从顺治朝到雍正朝，思想的主要特色是批判专制主义的政治经济思想的兴起，特别是经济学的三大定律即“顾炎武定律”、“黄宗羲定律”和“王夫之定律”的提出，突破专制特权至上主义而确立人道原则高于政治伦理原则的观念，突破专制主义的抽象类精神而凸显个人权利，突破“修身齐家治国平天下”的政治哲学而致力于理性化制度建设之路的探索。第二阶段是从乾隆朝到道光朝二十年，主要特色是意识形态批判和知性精神的发展，突破程朱理学的禁锢而揭露其“以理杀人”的本质，突破“遭统论”的禁锢而提出“废道统之说”、呼唤学术独立，突破“《春秋》笔削大义微言”和宋儒“议论法戒”的传统而确立以真实性为史学之生命的原则。第三阶段是从鸦片战争到辛亥革命时期，其思想特色是从魏源开始的中西政体比较研究以及政治体制与国民性之关系的探讨，突破政治体制改革的思想禁区而据实肯定民主政体优于专制政体，突破“天不变，道亦不变”的形而上学而昭示“道”应时而变的必然性，突破以“礼义文明之邦”傲视天下的观念而深刻揭示道德与制度的内在关系。第三阶段仿佛是向第一阶段的复归，但却在更高的基础上实现着清初学者为二百年后的中国著书立说时所怀抱的理想。