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院科两级综合目标管理是公立医院改革的重点任务要求，院科两级综合目标管理考核档案有利于规范医院管理、提高医院效率、降低医疗纠纷，对持续改进医疗质量，保障医疗安全起到积极作用。本文对院科两级综合目标管理考核档案的内容、档案的建立以及应用进行研究分析，引导和帮助各科室在医疗、教学、科研等方面全面发展。