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对43个HP临床分离株，从分子水平对其基因特征和表型特性进行研究，结果显示，多数HP临床分离株可以归纳为二大类型。Ⅰ型细菌含有细胞毒素相关蛋白CagA基因，表达CagA蛋白和空泡毒素（VacA）蛋白；Ⅱ型细菌不含有CagA基因，不表达CagA蛋白和VacA蛋白。Ⅰ型和Ⅱ型细菌分别占56%和16%，而其余的28%为中间表型，即仅表达其中的一个毒力因子，这一发现证明，尽管许多细胞毒性HP株含有CagA，但细胞毒素VacA的表达可以不需要CagA的存在。