目的了解上海市普陀区手足口病病原学特点,分析肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A组16型(Cox A16) VP1基因的特征,为手足口病的防治提供科学依据。方法收集2016年上海市普陀区手足口病患者的咽拭子标本,采用实时荧光定量PCR法(Real-time PCR)进行核酸检测,并用RD细胞对核酸检测结果为EV71和Cox A16的标本进行病毒分离,收获的阳性分离株利用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)法扩增病毒VP1区核苷酸序列,测序后分析其同源性并构建系统进化树。结果 2016年上海市普陀区共检测234份手足口病标本,阳性标本138份,阳性率为58.97%(138/234)。其中EV71阳性率为11.54%(27/234)、Cox A16阳性率为18.80%(44/234)、Cox A6阳性率为27.78%(65/234)和其他肠道病毒阳性率0.85%(2/234)。病毒分离培养阳性株包括10株EV71和20株Cox A16,10株EV71分离株均为C4a型,VP1区核苷酸和氨基酸序列同源性分别为93.6%～99.9%和98.7%～100.0%;20株Cox A16分离株均为B1b亚型,VP1区核苷酸和氨基酸序列同源性分别为93.4%～100.0%和98.2%～100.0%。结论 2016年上海市普陀区手足口病呈现Cox A6、EV71和Cox A16共同流行,而EV71流行株属于C4a亚型,Cox A16流行株属于B1b亚型,均与国内大部分地方的流行株基因亚型基本一致。