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人类活动是塔里木盆地南缘近几十年导致地下水及生态环境变化的主要因素，通过天然河道人工渠系化、平原水库建设以及枢纽工程上移，加速了地表水资源的时空再分配，从而引起了地下水空间补给变化。山前倾斜平原的补给量不断减少，而人工绿洲区地下水补给量则随地表引水量的提高不断增加。同时以天然河道渗漏补给为主转向以渠系、田间入渗为主。山前平原区地下水补给46年减少26.2％，泉水削减37.6％，溢出带下移0.5～1.2km,进入平原荒漠区的水量减少33％；并导致土地沙漠化及盐渍化面积不断扩大，小气候环境日趋恶劣。