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工程研究中心的技术创新存在着如下不足：与技术创新其它要素之间的整合效率低；发展资金不足；技术创新中介服务体系不够健全；国家投资主体之间的产权关系界定不清晰。就其技术创新能力的提高，提出如下对策：促进工程研究中心与其它创新要素之间的紧密结合；加大技术创新的投入、建立多渠道投入机制；进一步健全技术创新中介服务体系；尽快明晰世行贷款的国有股份的股权代表。