遗体组织捐献利用的制度困境包含遗体组织法律性质之界定、捐献利用利益主体之衡平、规制法律体系之构建三个方面。在遗体组织法律性质的界定上,必须以严谨准确的为学界公认的"脱离说"进行限缩,即明确界定出遗体组织被视为物的构成要件,只有在完全符合构成要件的情况下,遗体组织之占有、使用、收益和处分四大权能方能完全类比物权法之规定。在捐献利用利益主体之衡平上,应当确定自然人意思自治优先的最高顺位,在此前提下对不同利益主体进行比例式衡平,相应地推进行业自治,以格式合同、示范性合同文本、捐献利用情况的集中公示等工作确保遗体组织捐献利用事业的程式化、规范化和透明化,从而保证各方利益主体的均等博弈。在规制法律体系的构建上,以政府公共责任、有效的行业自治和必要的社会监督组成体系化的审慎规制法律结构。