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序列比对是生物信息学中基本的信息处理方法，对于发现生物序列中的功能、结构和进化信息具有重要的意义。该文对典型的双序列比对算法以及多序列比对算法进行了描述和评价；针对目前序列比对算法普遍存在的不足，提出了一种新的思想一基于知识表达系统的序列比对研究，应用知识表达系统对序列比对相似性发现进行定义及其处理。