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差异蛋白质组学是指依据蛋白质样品在不同时期、不同组织、不同状态或不同外界条件下表达不同，来筛选、鉴定蛋白质，可以通过对差异蛋白质的分析鉴定研究编码该差异蛋白的基因，扩展对该基因功能的研究，也可以结合功能蛋白质组学研究，发现新的蛋白质，完善已有的蛋白质组数据库。差异蛋白质组学技术主要有双向电泳技术（2-DE）、荧光双向差异凝胶电泳技术（DIGE）、多维色谱技术（HPLC）以及蛋白质芯片技术（Protein Chip）。