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引入复折射率并利用特征矩阵法，研究了光子晶体的吸收对滤波通道峰值和半高宽的影响。得出：滤波通道的峰值随光子晶体的消光系数增加而迅速减小，滤波通道的半高宽随消光系数增加而增大。滤波通道的峰值和半高宽都随有吸收的光子晶体的周期数增加而迅速减小。设计光子晶体滤波器时，应选择消光系数尽可能小的材料，并且光子晶体的周期数不宜大。