枇杷WRKY转录因子鉴定与表达分析

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WRKY转录因子是植物特有的超级基因家族,在调控植物的生长发育、生物和非生物胁迫响应和激素信号的转导等进程中起着重要作用。本研究以枇杷转录组数据为材料,利用生物信息学手段对枇杷WRKY转录因子进行鉴定与特征分析。结果表明,本研究分离鉴定了33条具典型WRKY结构域的序列,CDS长度分布在492~2040bp,命名为EjWRKY01~EjWRKY33。分组鉴定和进化树分析结果显示,枇杷WRKY转录因子可分为3大类,其中Ⅰ类数量为6个,Ⅱ类和Ⅲ类的数量分别为22和5个,其中Ⅱ类又进一步分为a~e五个亚类。WRKY结构域分析显示,WRKY结构域高度保守,绝大多数都含有WRKYGQK七肽和锌指结构。枇杷WRKY转录因子基因组DNA全长895~3873bp,编码的蛋白在163~679个氨基酸范围内,具有1~5个不等的内含子。WRKY启动子顺式作用元件预测结果表明,大部分WRKY启动子序列具有典型的TATA和CAAT元件。将我们获得的所有WRKY基因与已报道的拟南芥WRKY进行进化比对分析发现,所有EjWRKY基因并没有单独位于独立的分枝上,表明枇杷的基因序列虽与拟南芥物种有差别,但枇杷WRKY蛋白质在调控植物生物和非生物逆境反应、信号传导、生长发育等方面的功能是相似的。此外,荧光定量PCR结果显示,以大部分EjWRKY基因均在枇杷的根、茎、叶、花和果中表达,但其相对表达水平不同,说明WRKY家族基因在枇杷的生长发育中可能具有不同的功能。
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