【摘 要】
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目的 确定碳青霉烯耐药高毒力肺炎克雷伯菌(CR-hvKP)基因组中耐药基因与毒力基因的分布,探讨CR-hvKP的耐药与毒力分子特征.方法 收集2016—2020年该院分离的17株CR-hvKP菌株,使用Hisep 2500型Illumina高通量测序仪进行二代测序,对所测序列进行拼接、组装与注释;应用Diamond软件和RGI软件将CR-hvKP基因组与毒力因子数据库(VFDB)和抗菌药物耐药基因数据库(ARDB)进行比对,发掘和分析菌株基因组中毒力因子和耐药基因分布,并比较不同型别菌株携带的耐药基因与毒
【机 构】
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首都医科大学宣武医院:检验科,北京100053;首都医科大学宣武医院:药学部,北京100053
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目的 确定碳青霉烯耐药高毒力肺炎克雷伯菌(CR-hvKP)基因组中耐药基因与毒力基因的分布,探讨CR-hvKP的耐药与毒力分子特征.方法 收集2016—2020年该院分离的17株CR-hvKP菌株,使用Hisep 2500型Illumina高通量测序仪进行二代测序,对所测序列进行拼接、组装与注释;应用Diamond软件和RGI软件将CR-hvKP基因组与毒力因子数据库(VFDB)和抗菌药物耐药基因数据库(ARDB)进行比对,发掘和分析菌株基因组中毒力因子和耐药基因分布,并比较不同型别菌株携带的耐药基因与毒力基因的差异.结果 基因组序列数据显示17株CR-hvKP菌株全部为CC258克隆复合群,其中10株(58.8％)MLST型别为ST 11型,7株(41.2％)为国际上未报道的新序列型别.基因组中存在20多种耐药编码基因,包括对β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类抗菌药物耐药的基因;存在60多个毒力编码基因,涉及铁摄取和铁载体、调节蛋白、黏附及侵袭作用的10类毒力因子,荚膜血清型仅存在KL64型(82.4％)和KL47型(17.6％),未发现其他血清型.ST11型流行株与新ST型菌株相比,耐药基因blaCTX-M-27、blaTEM-1、blaTEM-2、ant2ia、sul1和毒力基因rmpA,差异有统计学意义(P<0.05).结论 该院分离的CC258克隆CR-hvKP菌中ST11型为主要流行株,CR-hvKP基因组携带大量的耐药基因与毒力基因,新ST型的出现亟待进一步全基因组水平监测耐药和毒力进化,为临床诊治提供依据.
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