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在采用GPS卫星信号驯服地面晶振方法设计的频率源中,GPS与晶振的频率差信号存在噪声干扰。利用标准卡尔曼滤波算法直接对频率差信号进行滤波处理,信号噪声中的野值会影响滤波精度。提出一种基于最小和函数估计卡尔曼滤波方法,通过该M估计的影响函数导出加权矩阵,判别频差信号是否为野值,进而对滤波新息进行修正。在某GPS校频系统中的应用表明,野值对滤波精度的影响得到有效抑制,系统输出频率准确度优于5.0×10~(-12)。