植物DNA序列由于进化速率上的差异而适用于不同分类阶元的系统发育研究 ,因此 ,针对某一特定的系统学问题选择相应合适的分子片段是分子系统学研究中最为关键的一步。在前人研究的基础上 ,主要讨论了目前分子系统发育和进化研究中一些常用的DNA序列的适用范围 ,包括nrDNA的 18S基因及ITS等非编码区 ,cpDNA的编码基因 (rbcL、matK、ndhF、atpB)及非编码区序列 (rpL16、rpoC1、rps16、trnL F和trnT L)和应用较少的mtD NA。研究表明 ,18S、rbcL等编码基因及mtDNA一般适用于较高分类阶元甚至整个种子植物谱系间的系统发育的探讨 ,而ITS及cpDNA的非编码区序列等因其较快的进化速率多用于较低分类阶元的系统关系研究。