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目前体细胞克隆已经取得较大进展，但平均效率还不到5％，仍面临着许多障碍，如重构胚胎在发育各个阶段的死亡率非常高，且后代常出现畸形等。究其原因可能与重构胚的细胞核重编程异常有关。细胞核的重编程异常表现为不同程度的表观遗传修饰异常。表观遗传修饰主要包括DNA甲基化、基因印记、X染色体失活、端粒、组蛋白修饰等，其中DNA甲基化起重要作用。正常的DNA甲基化能改善供核细胞的重编程，从而提高核移植的成功率。