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自然保护小区的环境监测是加入农田与人居生态系统和旅游因素的生态环境监测。自然保护小区生态环境监测项目包括非生命系统、生命系统和人文系统三部分。自然保护小区生态环境监测的方法，有地面监测技术和“3S”技术等，其生态环境监测方法对完善生态环境监测，建立综合监测网络具有重要意义，对开展其他生态系统生态监测也具有一定的借鉴和示范意义。