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根据筛选文库时获得的EST序列信息,利用RACE技术分离了一个甘蔗ATP酶C亚基基因,命名为ShVHA-C。该基因cDNA全长1 312 bp,含有1 056 bp的完整阅读框架,编码351个氨基酸。序列比对及结构预测分析表明,ShVHA-C编码的氨基酸序列与水稻、小麦、苜蓿、绿豆和蓖麻中相应基因氨基酸序列的一致性分别达到94.10%、93.22%、91.15%、91.15%和91.74%,与水稻一致性最高。在整个二级结构中,含有233个α-螺旋（alpha helix）,占66.38%;含有5个延伸链（