絕大多数的牛仔裤是用人工合成靛蓝染色的，这种染料模仿了从木蓝属植物（Indigofera）中提取的染料。靛蓝染料的合成过程需要甲醛在内的多种有毒化学品，染色过程也是如此，造成了巨大的污染。在世界有些地区，牛仔布工厂附近的河流呈现蓝色，毒害、杀死鱼类，影响着工人和居民的健康。由于每年生产的靛蓝染料超过4万吨，靛蓝造成的污染十分严重。
　　加州大学伯克利分校的研究者试图让蓝色牛仔裤的制作过程更环保，他们改造了一种大肠杆菌，使其成为生产靛蓝前体的“化工厂”。这种前体性质稳定，可以一直保存到需要用的时候。传统的合成靛蓝需要化学加工来还原、溶解靛蓝染料，使其能在棉布纤维上析出。而这种大肠杆菌生产的前体则不同，它只需要一种额外的酶，且最后的成品与传统合成靛蓝“一模一样”。
　　然而，牛仔布制造中出现的大量污染源于染色后的漂洗以及为了做旧效果的打磨，即使是由细菌生产的靛蓝染色的，依旧会在冲洗时产生肮脏的污水，而这种细菌生产的靛蓝造成的污染不会比原先更少。