植物水孔蛋白不仅调控水分运输,同时还可以在植物细胞间传递气体如CO2,和营养物质如硼(B)、硅(Si和活性氧(ROS)),是多功能的蛋白质。植物水孔蛋白的功能对于植物生长和非生物胁迫的反应也起到重要的作用。对蒺藜苜蓿基因组序列进行检索和筛选,共鉴定出46个水孔蛋白基因。蒺藜苜蓿水孔蛋白基因大小较为集中均一(绝大多数由200~400个氨基酸编码)。等电点的分布则较为分散,从最小pH 4.80(Medtr5g-012810.1)到最大pH 9.83(Medtr4g049340.1),均有分布,并无明显的集群特征。蒺藜苜蓿水孔蛋白基因的结构较为一致(2~4个内含子)。结合染色体定位和系统进化分析,蒺藜苜蓿二号染色体上同一位点的两对基因,分别是Medtr2g017570.1和Medtr2g017610.1,Medtr2g017590.1和Medtr2g017620.1,基因序列几乎完全一致。应该是由于基因扩增产生的。而Medtr2g017590.1和Medtr2g017620.1两个基因的表达模式,虽然有差别,但是聚集在一个表达模式聚类分枝上。这两个基因功能上的相互关系,很值得进一步的研究。