BCESCP:基于多类支持向量机的B细胞表位亚类分类研究

来源 :激光生物学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户:ciweiqiu
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目的:根据诱导的特异性抗体种型,B 细胞表位被分成不同的亚类。探索表位多类亚类之间的区别非常重要,能促进揭示免疫系统为什么会针对不同的表位产生特异性抗体应答。基于多类支持向量机,发展一个能区分多类表位亚类并且能预测 B 细胞表位的亚类类别的模型。方法:训练模型的数据集来源于免疫表位数据库,数据集包含4类数据,对应4种 B 细胞表位亚类:IgA 表位,IgE 表位,IgG 表位以及 IgM表位。通过5折交叉验证,分别探索氨基酸组成特征,quasi-序列顺序特征以及二肽组成特征区分表位多类亚类的能力。结果:实验结果表明二肽组成特征的区分性能最好,整体准确率为61.58%,应用此多类分类模型,开发了一个名为BCESCP 的免费使用的 B 细胞表位的亚类类别预测服务器,BCESCP 可以通过如下地址访问:http://www.bioin-fo.tsinghua.edu.cn /epitope /BCESCP/。
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