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甘肃白水江国家级自然保护区种子植物相当丰富,共有野生种子植物166科715属1948种.统计分析表明,菊科、蔷薇科、禾本科等31科是本区系的优势科,木通科、槭树科、猕猴桃科等12科是本区系的表征科.对各科的分布区类型和部分科的分布范围的分析结果表明,该区是热带成分与温带成分的交汇和过渡地区.基于3个被子植物分类系统对该区系的原始科进行分析,显示该区系的起源具有明显的古老性.