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以“微区域集水系统控制云南山区农业面源污染”项目为依托，在查阅大量的中外文献的基础上，根据层次分析法的理论、原则与方法，建立了由1项综合指标、2项主体指标、9项群体指标构成的山区微区域集水系统经济效益评价指标体系，并以迤者小流域为例进行了分析计算，结果表明：以30年为评价期，微区域集水系统平均每年的投入成本为14733．33元，平均每年产生的经济效益为93074．70～161126．32元，得出其推广应用的成本优势，并对如何改进和推广这项技术进行了探讨，以期为政府决策作出参考。