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[目的]建立高效液相色谱-串联质谱同时检测水中5种微囊藻毒素（MC）的方法。[方法]在流动相中加入甲酸，以亮氨酸-脑腓肽为内标，采用多反应监测模式（MRM）对5种MC进行定量检测。[结果]5种MC的检出限均低于0.1μg/L，平均回收率在91.2%-101.6%。此方法用于太湖水样的检测，3个水样中1个样品检出了MC-LR，含量为0.2μg/L，低于WHO饮用水中MC-LR为1.0μg/L的控制标准。[结论]该研究建立的高效液相色谱-串联质谱同时检测水中5种MC的方法灵敏度高、选择性好。