海岛特殊的地理位置和复杂的外界干扰，造就了其脆弱的生态系统；在日益增强的人类活动干扰下，海岛景观格局异质性增强，进而产生一系列生态效应。采用景观和生态效应指数，选择我国南方典型海岛——东山岛和南澳岛作为研究区，探究海岛景观格局的空间异质性；选择植被、土壤和地表水热条件三个重要的生态效应指标，从景观、海岛和区块三个尺度分析其对景观格局的响应状况。结果表明，从景观尺度来看，人工景观在各个景观指数和生态效应指标上相对自然景观都表现出较差的状态；在海岛尺度上，两个海岛尽管距离较近，但由于自然条件和海岛发展定位的差异，景观格局和生态效应都呈现较大的差异，南澳岛无论是景观格局还是生态效应都优于东山岛；在区块尺度上，两个海岛的景观格局和生态效应指标都呈现明显的空间异质性；海拔、坡度和距岸线距离对植被指数表现出显著的正相关性，对土壤和地表水热指数呈负相关性。研究结果揭示了自然条件和人类活动对海岛景观格局的影响，并阐明了不同尺度下海岛生态系统对景观格局的响应特征，对海岛生态修复和空间规划具有实践意义。