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利用密码子与氨基酸及终止信号之间的映射关系,提出了DNA序列的拟氨基酸序列。然后,借助多重集,构造了DNA序列的21维的数值向量表示,据此可计算DNA序列之间的相似距离。通过对汉坦病毒S片段全基因序列、番茄黄化曲叶病毒全基因组序列以及人鼻病毒全基因组序列3个数据集的系统发育分析,证明了所提方法的有效性。