密码子偏性是影响外源基因表达的重要因素，也是反映基因家族进化的关键线索之一。兰科植物是植物保护中的“旗舰”类群，且多数物种具有药用和观赏价值，但种子不易萌发，而ABI3（abscisicacidinsensitive3）基因是ABA信号转导的中心调控因子，是调控植物种子萌发的关键因子。因此，深入研究兰科ABI3基因密码子偏性，可为解析该基因功能、优化密码子组成奠定基础。本研究以拟南芥ABI3基因为探针，从公共数据库（NCBI）筛选出45条兰科植物ABI3基因，通过CodonW、SPSS、MEGA等生物信息学程序对其进行密码子使用模式和偏好性分析。相关参数分析结果表明，该基因的ENC（effective number of codon）值范围分布为40.84～58.46，其中大于52的占82.2%,CAI（codon adaptation index）平均值为0.203，远小于1，表明ABI3基因的密码子偏性相对较弱；中性绘图分析显示，GC12与GC3的回归曲线的斜率为0.6103,R~2=0.7928,P＜0.05，有极高的相关性，这暗示着碱基组成对密码子偏性具有重要的影响；ENC-plot分析中，所有基因ENC值都低于期望值，但相差不大，说明兰科ABI3基因密码子主要受碱基突变的影响，同时也受选择压力等其他因素影响。奇偶偏好性分析显示，大多数基因分布在平面图的右侧区域，密码子第3位A/T（U）的使用频率高于G/C。通过RSCU和ΔRSCU分析确定了26个最优密码子，其中以A/T（U）结尾的密码子有14个，以T（U）结尾的密码子有10个，说明兰科植物ABI3基因相对偏好使用A/U结尾的密码子，尤其偏好使用T（U）结尾的密码子，这与大多数单子叶植物密码子使用偏好不同。本研究可为兰科植物ABI3基因的系统发育、功能解析、提高ABI3基因表达效率提供理论基础，同时可为促进植物密码子生物学研究及外源基因改良提供参考。