边界元法与广义Langevin动力学相结合的模拟方法

来源 :科学通报 | 被引量 : 0次 | 上传用户：cherish_zww

【摘要】

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提出了将水化力加到广义Langevin方程中的新的模拟方法(GLDBEM).水化力通过边界元方法 (BEM)求出,包括溶质分子与表面诱导电荷的Coulomb相互作用和溶剂对分子表面的压力,摩擦

【作者】

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卢本卓陈慰祖王存新

【机构】

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北京工业大学生物医学工程中心,北京,100022中国科学技术大学天文与应用物理系,合肥,230026;北京工业大学生物医学工程中心,北京,100022;

【出处】

：

科学通报

【发表日期】

：

2000年14期

【关键词】

：

溶剂平均力势边界元法摩擦记忆函数广义Langevin动力学

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提出了将水化力加到广义Langevin方程中的新的模拟方法(GLDBEM).水化力通过边界元方法 (BEM)求出,包括溶质分子与表面诱导电荷的Coulomb相互作用和溶剂对分子表面的压力,摩擦记忆函数采用指数模型.以环苞霉素A(CPA)为研究对象,并将GLDBEM模拟结果与分子动力学(MD)模拟和通常的随机动力学(SD)模拟结果作了比较.结果表明GLDBEM模拟方法对研究分子的结构和动力学性质均比SD模拟有明显改善.

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