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肠道菌群不仅维持消化系统平衡，对免疫、激素和代谢稳态也至关重要。自身免疫性甲状腺疾病(AITD)是内分泌系统最常见的自身免疫性疾病，由桥本甲状腺炎和Graves病等一系列疾病组成。近期研究发现，AITD患者肠道菌群与健康人群相比存在差异。肠道菌群可能通过影响甲状腺激素的代谢及激发机体交叉免疫反应，参与AITD的发生、发展。