物质流分析被认为是适用于生态效率评价的重要工具和方法之一,但应用于区域生态效率评价的研究尚较少。根据生态效率理论、物质流分析理论与方法,建立了基于物质流账户的3个层面的区域生态效率评价指标:区域直接生态效率、区域总生态效率、整体生态效率。以江苏省为例,全面评价了1995~2005年江苏省不同层面的生态效率,结果表明:(1)江苏省区域直接生态效率远高于我国同期水平。区域总生态效率和整体生态效率相对较低,分别仅为区域直接生态效率15%~22%和7%~8%左右;(2)1995~2005年,区域直接生态效率呈先上升后下降趋势,原因在于物质生产率未有显著提高以及近年来重工业在产业结构中比重的增加;(3)整体生态效率的变化趋势与区域直接生态效率类似,原因主要是近年江苏省对区外物质和资源的进口量显著增加;(4)区域总生态效率则表现为先快速上升后缓慢上升的趋势。在对研究结果及成因进行分析和讨论的基础上,提出了提高区域生态效率的建议。