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同一机体的不同细胞中特定基因的顺式元件(cis-acting elements)完全相同,其所起的特异表达,主要受制于染色体上的蛋白因子的调控。这些因子多属于非组蛋白,在其结构中有一个与DNA结合的结合区,与特定的基因上的顺式元件相结合。这种能与顺式元件结合的蛋白因子称为反式作用因子(trans-acting dements)。基因由反式作用因子与相应的顺式元件结合而启动表达。