以１７个杂交水稻亲本、３个新株型株系和２４个光壳稻、爪哇稻品种为ＤＮＡ样品来源，通过随机引物ＰＣＲ扩增基因组ＤＮＡ的多态性，探索ＲＡＰＤ标记水稻亲本遗传差异在杂交稻育种中利用的可能性。研究结果表明，２２个１２碱基随机引物共扩增产物９８个，其中１７个引物可产生多态性产物，所扩增产物的４７．９％ 至少在两个基因型间存在差异。每个ＰＣＲ扩增产物分别以１和０记录存在与否。由ＲＡＰＤ数据计算的Ｎｅｉ＇ｓ遗传距离创建聚类树状图。聚类分析结果表明，籼稻和粳稻容易被分开，普通粳稻又容易与光壳稻、爪哇稻分开，但光壳稻和爪哇稻混合聚在一起。根据聚类图发现普通粳稻亚群内杂种优势较弱，亚群间即生态群间的杂种优势较强，群间即籼、粳亚种间杂种优势更强。利用光壳稻、爪哇稻选育不同生态群方向的恢复系和不育系，已配组育成超强优势的杂交稻组合。