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南疆五地州依托丰富的特色农业资源优势加快了主要农产品加工业集聚，虽然形成了集聚的局面，但是集聚程度和集聚经济效应普遍偏低，找出制约集聚程度和集聚经济效应的因素非常重要。本文截取了2007到2011年间影响南疆五地州主要农产品加工业集聚的面板数据，运用主成分分析法对各因子的贡献率进行分析，得出创新能力和物流能力是制约南疆五地州主要农产品加工业集聚的两个制约因素，并提出了加快创新能力网络建设和完善物流体系两个可行性建议来提升产业集聚的程度和经济效应。