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比较分析仿真输出与参考输出之间的差异是仿真模型验证的一种常用手段。为解决系统输出为非平稳快变数据的仿真模型验证问题，提出了基于经验模态分解和灰色关联分析的验证方法。首先采用经验模态分解方法将仿真输出和参考输出均分解为趋势项和平稳项两部分，然后从位置差异和外形差异两方面刻画趋势项之间的差异，用谱密度差异刻画平稳项之间的差异，再者采用熵权法确定各类差异的权重，最后基于灰色关联度分析综合三类差异得到验证结果。通过实例应用，验证了方法的有效性。