【摘 要】
：
目的通过全基因组序列研究利奈唑胺敏感株和诱导耐药粪肠球菌之间基因位点差异,分析利奈唑胺耐药相关基因变异位点。方法粪肠球菌ATCC29212菌株用浓度梯度的利奈唑胺进行耐药
【机 构】
：
广东医学院附属深圳市南山区人民医院感染科深圳市内源性感染诊治重点实验室,
论文部分内容阅读
目的通过全基因组序列研究利奈唑胺敏感株和诱导耐药粪肠球菌之间基因位点差异,分析利奈唑胺耐药相关基因变异位点。方法粪肠球菌ATCC29212菌株用浓度梯度的利奈唑胺进行耐药性诱导,最终获得利奈唑胺耐药的粪肠球菌株LRS29212。提取其总DNA,进行PE(paired end或称双端)测序,采用软件SPAdes进行序列拼接,拼接获得原始scaffold,然后用Gapcloser及GapFiller对scaffold补Gap,采用PrInSeS-G进行序列校正,最终获得全基因组序列。获得的全基因序列与标准株ATCC29212菌株基因组序列(PUBMED公布序列)作比较,获得变异基因位点,并对变异基因功能进行注释。结果通过32代诱导,获得了粪肠球菌LRS29212,其MIC值为128μg/ml;粪肠球菌LRS29212全基因组包含3 010 552碱基对,GC含量37.3%。基因组通过注释后总共有2 918个编码序列(CDS),53个tRNA的编码基因,以及5个完整的rRNA基因编码的操纵子,获得PUBMED全基因序列号(PRJNA257022);总共找出152个SNP,其中错义突变的SNP有24个,包含结合糖ABC转运ATP结合蛋白。结论经LZD诱导成功获得耐LZD粪肠球菌LRS29212菌株,测序分析该菌株存在基因突变位点,为进一步研究LZD耐药机制奠定了基础。
其他文献
<正>随着建筑工程技术的迅速发展,高层建筑越来越成为经济发展的一个缩影。但也带来众多弊端,其中以防火问题最为突出。针对当前中国高层建筑消防的严峻形势,分析了高层建筑
目的研究中药连翘对多药耐药鲍曼不动杆菌主动外排泵编码基因adeB的影响,从分子水平探讨其主动外排耐药机制。方法从临床分离的30株多药耐药鲍曼不动杆菌中筛选出对环丙沙星(
目的了解克林霉素与青蒿琥酯联用对抗青蒿琥酯恶性疟原虫是否有增效和延缓抗性作用。方法将恶性疟原虫用Trager法进行体外连续培养,待其正常生长后分组进行药敏试验。对照组
在系统采集西南地区典型矿井构造煤样的基础上,通过等温吸附解吸实验,探讨了不同变质变形条件下构造煤瓦斯特性。中高变质作用阶段,变质程度对瓦斯吸附的影响作用大于变形强
<正>一直以来,南京的发展都局限在明城墙之内。十年前,南京提出"跨江发展"战略,江浦、六合分别撤县设区,南京便开始了长达十年的"北进"时代。在这十年间,江北地区从一个开发
<正>以广州某超高层项目栋生活及消防给水系统设计为案例,浅谈超高层生活给水系统及消防给水系统的选择及分区特点。根据《民用建筑设计通则》(GB50352-2005)第3.1.2条规定:"
<正>面对日益激烈的竞争环境,高速公路施工企业要想保持着强有力的竞争优势,就必须具备完整的成本控制系统,以节约企业的项目成本,提高企业的经济效益,增强企业的竞争力。一
<正>成本管理是企业管理的重要方面,受国家宏观经济政策和煤矿企业生产环境的影响,煤矿安全投入也在不断加大,煤炭成本在大幅度地提高,如何加强煤矿企业的成本管理,实施成本
目的研究细胞因子VEGF、bFGF、PEDF在视瞻昏渺发病机理的实验研究中的表达。方法用半导体激光建立CNV动物模型。于造模后1wk,2wk,3wk,4wk,8wk行FFA检查,于造模后8wk行HE染色
<正>【教学内容】《森林狂想曲》(人教版课程标准实验教材小学音乐五年级上册第四单元)【教学目标】一、"情感态度与价值观"目标1、感受乐曲轻松欢快的情绪。