线粒体是“动力工厂”，能够进行氧化代谢实现能量的转化，参与三羧酸循环形成ATP。随着分子生物学和生物信息学技术的发展，担子菌灵芝属中已有几种灵芝的线粒体基因组被相继报道，但尚未有对重伞灵芝线粒体基因组的报道。本研究通过对重伞灵芝YX线粒体基因组进行了组装注释，比较分析了与其他灵芝属物种的差异，根据差异序列构建分子标记对重伞灵芝菌株快速鉴定。结果显示重伞灵芝线粒体基因组大小为67 340bp的闭合环形结构，含有15个普通蛋白编码基因，28个tRNA基因，以及rRNA的大小亚基基因。共5个基因含有12个内含子，主要为IB型，部分为ID型，包含LAGLIDADG＿1 superfamily、GIY-YIG＿Cterm superfamily保守结构域。根据重伞灵芝线粒体cox2基因设计的特异性引物扩增结果显示：四株重伞灵芝的cox2基因片段均可准确扩增，且扩增不出其他灵芝物种的cox2基因片段。基于各灵芝菌株线粒体cox2基因序列构建系统进化树，可以将四株重伞灵芝归在同一分支上，并且同源性为98%，与ITS鉴定结果一致。可见，基于线粒体基因cox2特异性引物可以快速的对重伞灵芝进行鉴定，且只需通过观察扩增条带的有无，无需测序，省时省力。