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鳃是三疣梭子蟹重要的呼吸器官.三疣梭子蟹鳃器官由左右5对主鳃叶和1对小鳃叶组成,每一鳃叶由许多鳃片构成,鳃片表面密布许多刺状或疣状突起,从而大大增加了鳃与水的接触面积,使机体与水环境的气体交换能够高效率进行.当鳃发生病变或堵塞时,则会影响三疣梭子蟹的正常呼吸.病蟹会通过自身调节,提高呼吸运动节律来弥补鳃病引起的气体交换的不足.